Antes de aplicar la iontoforesis, su fisioterapeuta  primero debe decidir qué tipo de medicamento usar. El medicamento utilizado en la iontoforesis depende de los objetivos del tratamiento. Diferentes medicamentos tienen diferentes efectos en el cuerpo, y su licenciado decidirá cuál es el mejor medicamento para su condición específica.

Muchos estados requieren que su fisioterapeuta obtenga una receta de su médico antes de administrar el medicamento a su cuerpo a través de la iontoforesis. No se sorprenda si su terapeuta se comunica con su médico o le pide que se comunique con su médico antes de administrarle un medicamento de iontoforesis.

Se utiliza una unidad de estimulación eléctrica de corriente continua para aplicar la iontoforesis. La unidad tiene dos electrodos; un electrodo es para la corriente negativa y otro para la corriente positiva. Su fisioterapeuta aplicará medicamentos al electrodo positivo o al negativo, dependiendo del tipo de medicamento que se esté utilizando para la iontoforesis.

Los electrodos luego se aplican a su cuerpo. El electrodo con el medicamento se aplica al área de su cuerpo que está siendo tratada. El electrodo sin el medicamento se aplica a su cuerpo cercano. La unidad de estimulación eléctrica se enciende y la electricidad empuja el medicamento hacia la parte del cuerpo lesionada mientras se relaja.